Welche Arten und Lebensräume von den Richtlinien erfasst und durch internationale Schutzbemühungen erhalten werden, wird der EU von den Mitgliedsstaaten vorgeschlagen. Wird ein Gebiet nach der Prüfung durch die EU als Natura 2000-Gebiet festgelegt, muss es durch nationales Recht geschützt werden. In Deutschland geschieht dies durch die Ausweisung als Naturschutz- oder Landschaftsschutzgebiet.
Da die einzelnen Schutzgebiete über Landesgrenzen hinweg miteinander vernetzt sind, ist die Einhaltung der Richtlinien durch alle EU-Mitgliedsstaaten notwendig. Denn bricht nur ein Teil des empfindlichen Ökosystems weg oder wird gar zerstört, kann das Auswirkungen auf die gesamte über Natura 2000 geschützte Tier- und Pflanzenwelt haben.